La Convención incluye especies en su Apéndice I, que protege a las especies migratorias amenazadas de extinción, y en su Apéndice II, en el cual aparecen especies cuyo estado de conservación es desfavorable y necesitan de acuerdos internacionales para su conservación, cuidado y aprovechamiento, y especies que se beneficiarían considerablemente de la cooperación internacional resultante de un acuerdo internacional de la CMS.

El informe presentado en la COP13 señala que el 87% de las especies incluidas en el Apéndice I y el 56% de las del Apéndice II pueden considerarse de "preocupación mundial", según informó la CMS.

Además, las tendencias de la población del 73% de las especies del Apéndice I y de un 48% de las del Apéndice II están decreciendo, y son estables o crecientes en un 14% de las del Apéndice I y un 18% de las del Apéndice II. Los peces conforman el taxón que disminuyen más rápidamente.

El informe indica que más del 90% de las especies incluidas en la CMS se ven afectadas por el uso de recursos biológicos, algo que afecta a mamíferos, aves, reptiles y peces, y que tres de cada cuatro especies del Apéndice I se ven afectadas por la caza o pesca intencional.

Además, alrededor de un 20% están sujetas a formas de persecución y control (como control de lobos, control de plagas, persecución de serpientes por superstición, protección de la playa con redes de tiburones, tiburones y focas asesinados porque comen especies de peces comerciales, etc.).